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對于大多數的液相色譜柱廠家而言，每根色譜柱在出庫之前都經過了測試，并存放在測試洗脫液中進行運輸。因此，在使用時，沒有必要用水進行沖洗，只要用流動相*地平衡色譜柱即可。如果使用流動相添加劑（如緩沖液或離子對試劑），建議使用含原有比例但不含這些添加劑的流動相進行中間過渡。使用10至20個色譜柱體積進行沖洗將有助于過渡到流動相。對于具有較短化學鏈（例如C8、苯基、CN）鍵合相的色譜柱，應小心確保在使用色譜柱之前對其進行*的平衡。這樣可確保重復性，并有助于防止保留時間的漂移。
正相溶劑和反相溶劑是不互溶的，這一點不能忽略。對于新購柱子，首先請注意打開分析測試說明書，了解柱子的保存溶劑。如果保存溶劑與你將要使用的流動相不互溶，請先用異丙醇過渡。過渡過程中注意因異丙醇粘度較大，會導致柱壓升高，適當調低流速。如果流動相中含有緩沖鹽類，先用不含緩沖鹽的同比例流動相過渡，避免緩沖鹽的析出。
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